Es handelt sich hierbei, verglichen mit Landschaftsschutzgebieten, meist um kleinflächigere Gebiete. Schutzzweck ist die Erhaltung und Entwicklung von Lebensgemeinschaften oder Lebensräumen bestimmter wildlebender Tier- und Pflanzenarten. Die Verbote bzw. Nutzungsbeschränkungen sind im Naturschutzgebiet (NSG) oft strenger gefasst als in Landschaftsschutzgebieten. Zuweilen liegen NSG innerhalb von Landschaftsschutzgebieten. In der zu einem NSG erlassenen Verordnung sind konkret der Schutzzweck und die Schutzziele sowie die Gebote und Verbote geregelt. Generell sind alle Handlungen verboten, die das NSG beeinträchtigen, beschädigen, zerstören oder verändern können. Solche Verstöße stellen eine Straftat (§ 329 StGB) dar und werden als solche geahndet. Ein NSG darf z.B. nur auf den Wegen betreten werden.

Zuständig für die Ausweisung von Naturschutzgebieten ist die obere Naturschutzbehörde im Landesverwaltungsamt Sachsen-Anhalt. Die Umsetzung der Verordnungen sowie die allgemeine Verwaltung der Gebiete obliegt der unteren Naturschutzbehörde des Landkreises.

Im Kreisgebiet sind z.Zt. 39 Naturschutzgebiete ausgewiesen  http://www.lvwa-natur.sachsen-anhalt.de/ :

• NSG "Albrechtshaus"
  63,95 ha groß, verordnet 1961
• NSG "Bielsteinhöhlengebiet bei Rübeland"
  24 ha groß, verordnet 2012
• NSG "Bockberg"
  24,8 ha groß, verordnet 1967
• NSG "Bodetal"
  473,78 ha groß, verordnet 1937
• NSG "Eichenberg"
  52 ha groß, verordnet 2000
• NSG "Elendstal"
  73,69 ha groß, verordnet 1961
• NSG "Hammelwiese"
  5,84 ha groß, verordnet 1967
• NSG "Harzer Bachtäler"
  1301 ha groß, verordnet 1998
• NSG "Hasselniederung"
  7,7 ha groß, verordnet 1967
• NSG "Kramershai"
  175 ha groß, verordnet 1999
• NSG "Oberes Selketal"
  1611 ha groß, verordnet 1998
• NSG "Radeweg"
  18,9 ha groß, verordnet 1961
• NSG "Schieferberg"
  65,45 ha groß, verordnet 1999
• NSG "Steinköpfe"
  620 ha groß, verordnet 1998
• NSG "Stollensystem Büchenberg bei Elbingerode"
  147 ha groß, verordnet 2012
• NSG "Tännichen"
  22,87 ha groß, verordnet 1961
• NSG "Ziegenberg bei Heimburg"
  88,4 ha groß, verordnet 1981
• NSG "Alte Burg"
  41,79 ha groß, verordnet 1967
• NSG "Anhaltinischer Saalstein"
  6,44 ha groß, verordnet 1961
• NSG "Burgesroth-Bruchholz"
  195 ha groß, verordnet 1998
• NSG "Clusberg"
  30 ha groß, verordnet 1994
• NSG "Friedrichshohenberg"
  118,5 ha groß, verordnet 1994
• NSG "Gegensteine-Schierberg"
  102 ha groß, verordnet 1998
• NSG "Hakel"
  1366 ha groß, verordnet 1995
• NSG "Harslebener Berge und Steinholz"
  250,58 ha groß, verordnet 1967
• NSG "Heidberg"
  119 ha groß, verordnet 1997
• NSG "Münchenberg"
  40,64 ha groß, verordnet 1967
• NSG "Selketal"
  660 ha groß, verordnet 1994
• NSG "Spaltenmoor"
  80,65 ha groß, verordnet 1961
• NSG "Teufelsmauer und Bode nördlich Thale"
  198 ha groß, verordnet 2011
• NSG "Ziegenberg"
  25,79 ha groß, verordnet 1961
• NSG "Aderstedter Busch"
  43 ha groß, verordnet 1999
• NSG "Großer Fallstein"
  70,84 ha groß, verordnet 1961
• NSG "Herrenberg und Vorberg im Huy"
  234,84 ha groß, verordnet 1961
• NSG "Hoppelberg"
  55,22 ha groß, verordnet 1961
• NSG "Kleiner Fallstein"
  45,86 ha groß, verordnet 1961
• NSG "Okertal"
  82 ha groß, verordnet 1997
• NSG "Osteroder Holz"
  50,54 ha groß, verordnet 1961
• NSG "Waldhaus"
  52,08 ha groß, verordnet 1961