Prinzipiell sind Flaggen von Gebietskörperschaften zweistreifig. Der linke Streifen hat die Tinktur des Hauptwappensymbols, der rechte Streifen hat die Tinktur des Schildes. Das heißt auch hier, dass neben einer Farbe (Rot, Blau, Grün oder Schwarz) ein Metall (Gold=Gelb oder Silber=Weiß) steht, wie es ein heraldischer Grundsatz fordert.

Das Wappen ist in den Tinkturen Rot und Silber (=Weiß) gehalten; Gold (=Gelb) ist die nebengeordnete Tinktur der Griffe der Kredenzmesser.

In Anlehnung an das o. g. Prinzip und in Übereinstimmung mit dem Runderlass des Innenministeriums der Landesregierung Sachsen-Anhalt "Genehmigung der Wappen und Flaggen von Gemeinden, Verwaltungsgemeinschaften und Landkreisen" beschloss der Kreistag, die Flagge als zweistreifige Flagge zu führen, deren linker Streifen rot und deren rechter Streifen weiß sind. Bei der quergestreiften Flagge sind der obere Streifen rot und der untere Streifen weiß. Mittig aufgesetzt ist das Wappen.

Rot und Weiß sind dann auch die Farben des Landkreises Harz.