Der Landkreis Harz ist ein junger Landkreis, der im Zuge der zweiten Gebietsreform des Landes Sachsen Anhalt am 1. Juli 2007 durch Fusion der ehemaligen Landkreise Halberstadt, Quedlinburg und Wernigerode sowie der Stadt Falkenstein (Harz) aus dem ehemaligen Landkreis Aschersleben-Staßfurt entstand.

Seine historischen Wurzeln reichen jedoch weit in eine überaus bedeutende Besiedlungsgeschichte zurück, denn das Gebiet um den Harz war schon für die Vorfahren der heutigen Menschen eines der ältesten Verbreitungs- und Siedlungsgebiete. Die ersten Siedlungsspuren sind aus der Altsteinzeit nachweisbar und zeigen, dass diese Landschaft immer wieder an einigen Stellen nahezu durchgehend besiedelt war. Die ertragreichen Böden machten die Gegend für Siedler während des Neolithikums besonders interessant, was sich durch unzählige Siedlungsreste dieser Epoche nachweisen lässt.

In der Jungsteinbronzezeit sind diese Besiedlungen dann auch bis in die mittleren Lagen des Harzes nachweisbar. Eine wichtige Periode setzt für den Harz um 800 vor unserer Zeit ein. In der so genannten Eisenzeit sind die ersten Ursprünge des Harzer Bergbaus zu finden.

Mehr und mehr wurde nun das Harzgebiet bis in die höheren Lagen in Besitz genommen. Vor allem die Sachsen breiteten sich vom Gebiet zwischen Elbe/Saale kommend aus. Um 400 entstand für die Harzer Region mit dem Thüringischen Reich das erste bedeutsame staatliche Gebilde.

Im 8. Jahrhundert kamen die Franken unter Karl dem Großen. Anstelle der sächsischen Gauverfassung wurde die fränkische Grafschaftsverfassung eingeführt. Zwischen 750 und 780 trieb Karl der Große die Christianisierung voran, in deren Folge 804 das Bistum Halberstadt gegründet wurde. Dieses umfasste weite Gebiete östlich des Harzes und reichte bis in die heutige Altmark.

Die Bewirtschaftung von Flächen des Bistums hatte zahlreiche Ortsgründungen und Siedlungen zur Folge. Waren in der frühen Zeit der Bistumsgeschichte geistliche und weltliche Machtfaktoren der Bischöfe kaum voneinander zu trennen, wurden deren weltliche Befugnisse mit den wachsenden Territorialherrschaften immer weiter eingeschränkt. Auch in unmittelbarer Nähe zu den Herrschaftsbauten der Grafen und weltlichen Herren entstanden Ortschaften. So häuften sich zum Beispiel am Ende des 8. Jahrhunderts urkundliche Nachrichten über Ortschaften vor allem in der Umgebung des heutigen Quedlinburg.

Bereits 919 soll der Sachsenherzog Heinrich am Finkenherd in Quedlinburg die Königskrone empfangen haben. Er und seine Nachfolger machten die Pfalz Quedlinburg zu einem wichtigen Zentrum ihrer Reichspolitik. Heinrich I. wurde hier 936 beigesetzt und seine Gattin, Königin Mathilde, gründete an seiner Grabstätte ein Damenstift, das fast 900 Jahre lang bestand.

Auch der königliche Jagdhof Heinrich I. - die auf der Elbingeröder Hochebene zu suchende kaiserliche Pfalz Bodfeld – wird bereits 935 in der Vita Mathildis als Platz, an dem der König oft weilte, genannt.

Eine 1000jährige Geschichte besitzt gleichfalls Derenburg, das schon im 10. Jahrhundert "ottonische" Feste war.

Als königlicher Bannforst ermöglichte der Harz mit seinen Naturreichtümern die wirtschaftliche Entwicklung der im heutigen Kreisgebiet gelegenen Orte. Forst und Bergbau begannen bereits im 10. Jahrhundert die wirtschaftlichen Strukturen des Gebietes zu prägen. Jagd und Forst in des Königs Bann, das Schürfen auf Kupfer, Silber, Kobalt und Eisenerz waren Erwerbsquellen der damaligen Harzbevölkerung. Hinzu kam ein ausgeprägter Handel auf den über das Gebirge führenden Handelsstraßen, was vor allem die Entwicklung der an diesen Straßen liegenden Orte begünstigte.

Langwierige Rivalitätskämpfe um die Herrschaft im Reich führten in den folgenden Jahrhunderten zum weitest gehenden Zerfall der Zentralgewalt. In dieser Situation suchten viele der im Harzgau bestehenden Grafschaften zuverlässige Verbündete und sicherten sich über Lehensverhältnisse, z. B. mit den Markgrafen zu Brandenburg, Schutz und Unterstützung.

Auch das Bistum Halberstadt wurde im Ergebnis des Westfälischen Friedens nach dem dreißigjährigen Krieg 1648 als Fürstentum Halberstadt mit dem Kurfürstentum Brandenburg vereinigt und teilte ab 1701 die Geschicke des Königreiches Preußen.

Zum Territorium des heutigen Landkreises Harz zählten neben diesen preußischen Gebieten ein anhaltinischer Teil im Bereich um Ballenstedt, zahlreiche braunschweigische Ortschaften rund um Blankenburg sowie Teile des Königreiches Hannover rund um Elbingerode.

Der militärische Zusammenbruch Preußens im Kampf gegen Napoleon führte 1807 zur Eingliederung der preußischen und braunschweigischen Gebiete in das Vasallenkönigreich Westfalen, das man nach französischem Vorbild in acht Departements gliederte. Große Teile des heutigen Landkreises Harz gehörten nun zum Saale-Departement, dessen Verwaltungssitz sich in Halberstadt befand.

Napoleons Niederlage in den Befreiungskriegen führte jedoch bereits 1813 zum Ende des Königreiches Westfalen und der Wiederherstellung der staatlichen Verhältnisse auf der Grundlage des Rezesses von 1714. Nachdem der Wiener Kongress die Neugestaltung Europas und die Frage der erbeuteten Fürstentümer regeln sollte, erfolgte 1815 durch  „Allerhöchste Verordnung“ die grundsätzliche staatliche Neugliederung Preußens in Provinzen, Regierungsbezirke und Kreise. Im Zuge der damit verbundenen Reformen entstanden erstmals preußische Landkreise als Gebietskörperschaften.

So wurden u. a. die Kreise Osterwieck mit der Grafschaft Wernigerode, Aschersleben mit der Kreisstadt Quedlinburg und der Stadtkreis Halberstadt gebildet. Bereits 10 Jahre später wurde die Grafschaft Wernigerode wieder aus dem Kreis Osterwieck herausgelöst. Dieser dadurch stark reduzierte Kreis hörte zugleich auf zu bestehen und wurde Bestandteil des neuen Kreises Halberstadt.

Die Grafschaft Wernigerode nahm bis zur endgültigen Einführung des preußischen Kreisrechtes im Jahr 1876 eine Sonderstellung ein und galt als „selbständiger Bezirk“ des preußischen Staatsverbandes.

Auch im Herzogtum Braunschweig, das nach Ende der Napoleonischen Herrschaft wieder entstanden war, wurden nach preußischem Vorbild Kreise gebildet. So wurde nach dem Wiener Kongress 1815 der Kreis Blankenburg neu geschaffen. Er bestand aus Teilen des ursprünglichen Braunschweiger Harzgebietes und der ehemaligen Grafschaft Blankenburg, die nach dem Aussterben der dortigen Grafen 1599 an Braunschweig fiel.

Im Herzogtum Anhalt fiel mit dem Tode des Herzogs Alexander Carl 1863 der Landesteil Ballenstedt an die Dessauer Linie der anhaltinischen Fürsten. Als einer von 5 Kreisen im wiedervereinten Anhalt entstand der Kreis Ballenstedt.

1891 wurde die Stadt Halberstadt aus dem Kreisgebiet herausgelöst, Ascherleben wird 1901 und Quedlinburg 1911 kreisfreie Stadt.

In den Folgejahren gab es mehrfache strukturelle Verwaltungsänderungen, die jedoch nicht zu grundlegenden Territorialveränderungen führten. Das änderte sich erst, als es in Folge der Weltwirtschaftskrise 1932 zu erheblichen administrativen Veränderungen und einer Neugliederung der Landkreise kam. Der Landkreis „Grafschaft Wernigerode“, große Teile des Kreises Halberstadt und das Amt Elbingerode aus dem aufgelösten Kreis Ilfeld werden zu einem neuen, großen Landkreis Wernigerode zusammen geschlossen. Diese Kreisstruktur blieb im Wesentlichen bis Anfang der 50er Jahre erhalten.

Nach dem Ende des II. Weltkrieges fiel das heutige Kreisgebiet entsprechend der von den Siegermächten ausgehandelten endgültigen Aufteilung des Deutschen Reiches in die sowjetische Besatzungszone. Ein Teil des Landkreises Blankenburg blieb jedoch unter britischer Verwaltung und so kam es zur Teilung dieses Landkreises, zur Trennung von Braunschweig und der Eingliederung von 18 Gemeinden mit der Stadt Blankenburg als Kreisstadt in die Provinz Sachsen.

Nach der Gründung der DDR im Bereich der ehemaligen sowjetischen Besatzungszone wurden erneut umfangreiche strukturelle Veränderungen eingeleitet, die auch die Reorganisation der Verwaltung betrafen. 1950 wurde die seit 1911 kreisfreie Stadt Quedlinburg um den Landkreis Ballenstedt sowie Teile des Mansfelder Gebirgskreises erweitert. Der im Gebiet der DDR liegende Teil des ehemaligen Landkreises Blankenburg wurde aufgelöst und seine Orte den Kreisen Quedlinburg und Wernigerode zugeteilt.

Die Auflösung der Länder und Untergliederung in Bezirke führte 1952 nochmals zu einer entscheidenden Veränderung der Kreisstrukturen. Der Kreis Halberstadt entstand mit fast allen Orten, die vor 1932 dazu gehörten, und der Kreisstadt Halberstadt neu und dem Kreis Wernigerode wurden bis auf zwei Orte alle des ehemaligen Landkreises Blankenburg und die bis dahin thüringischen Orte Benneckenstein und Sorge zugeordnet. Damit waren neue Kreisstrukturen geschaffen worden, die bis auf kleine Änderungen bis zur Deutschen Wiedervereinigung Bestand hatten.

Im Zuge der Deutschen Einheit entstand 1990 des Landes Sachsen-Anhalt neu. 1994 kam es zu einer ersten Kreisgebietsreform, in deren Folge die ehemals zum Landkreis Blankenburg zählenden Orte Allrode und Timmenrode vom Landkreis Quedlinburg in den Landkreis Wernigerode wechselten. Die heute zur Stadt Falkenstein (Harz) zählenden Ortschaften Endorf, Ermsleben, Meisdorf, Neuplatendorf, Pansfelde, Reinstedt und Wieserode gehörten von nun an zum neu entstandenen Landkreis Aschersleben-Staßfurt.

Mit der zweiten Kreisgebietsreform in Sachsen-Anhalt, die am 1. Juli 2007 in Kraft trat, wurde die Zahl der Landkreise von 21 auf 11 verringert.

Als Einwohnerstärkster und einer der flächenmäßig größten entstand im Südwesten des Bundeslandes Sachsen-Anhalt der Landkreis Harz, zu dem sich 18 Städte und 59 Gemeinen der ehemaligen Landkreise Halberstadt, Quedlinburg und Wernigerode sowie die Stadt Falkenstein/Harz zusammengeschlossen haben. Im Zuge einer Gemeindegebietsreform wurden daraus zum 1. Januar 2014 13 Einheitsgemeinden und eine Verbandsgemeinde.